1997年，国家科技领导小组第三次会议决定，制定和实施《国家重点基础研究发展规划》。《规划》贯彻“统观全局，突出重点，有所为，有所不为”的原则和“大集中，小自由”的精神，在现有基础研究工作部署的基础上，鼓励优秀科学家围绕国家战略目标，在对经济、社会发展有重大影响，能在世界占有一席之地的重点领域，瞄准科学前沿和重大科学问题，与国家自然科学基金、其他科技计划和相关的基础研究工作互相联系，互为补充，注意分工和衔接；体现国家目标，为解决下世纪我国经济和社会发展中重大问题提供有力的科学支撑。实施重大项目，对基地建设、人才培养、体制改革进行总体部署和优化,加强国际合作与交流。
    
     1、主要任务
     以认识自然现象、揭示客观规律为主要目的，并遵循基础研究的特点和规律，开展重点探索性基础研究；以解决在国民经济和社会发展以及科学自身发展中所提出的重大科学问题为目的的定向性基础研究；对基本科学数据、资料及相关信息进行系统的考察、采集、鉴定，并分析、综合。
     2、项目申报要求
     项目总体目标应明确、具体、相对集中。总体研究思路清晰，必须体现有别于国内外已有的同类研究的创新。研究内容要突出重点、避免分散；体现本领域的发展趋势，居于国际科学前沿。研究队伍要体现优势集成，避免拼盘项目。鼓励多学科的科学家合作组织交叉综合研究，鼓励跨部门组织研究队伍。突出重点，集中目标。项目遴选将鼓励竞争，在竞争的基础上择优。项目主要建议人的学术背景应与项目的研究方向密切相关，并对项目的学术思想有重要贡献。每个项目所列出的建议人应不超过5人。每位科研人员一般只能作为1个项目的建议人参与申报项目，最多不能超过2个。
     项目应注意与国家科技攻关计划、高技术研究发展计划及其它科技计划的协调与衔接，发挥重大科学工程和国家重点实验室等重要研究基地的作用，努力实现科学研究资源的优化配置。项目的课题数一般不超过10个，每个课题的承担单位一般不多于2个。973计划项目只设置课题，不在课题下设置子课题。
     3、项目骨干人员
     凡“973计划”专家顾问组成员、已经立项的“973计划”项目首席科学家及主要承担人员不能作为建议人和研究骨干参与项目的申报；国家科技攻关计划、高技术研究发展计划项目及课题主要负责人不能作为项目建议首席科学家申报“973计划”项目。项目建议首席科学家一般为1人，年龄一般不超过60岁。首席科学家应将主要精力投入项目工作，一般需保证70％的时间。
     4、与欧盟合作
     根据“中华人民共和国政府与欧洲共同体科学技术合作协定”，科技部向欧方开放《国家重点基础研究发展规划》项目。
     欧盟成员国的研究机构的科学家必须与两个或两个以上的不隶属于同一部门的中方单位的科学家在详细理解规划项目的立项要求的基础上，根据“指南”共同提出项目建议。
     建议书必须在规定的时间内由共同建议人（即双方提出申请的科学家）签字，经中方共同建议人所在研究机构报科技部。必须提交中、英文两个版本（一式20份）。
     中方科学家与欧方科学家共同提出的项目建议书需通过专家评审，评审标准与国内科学家提出的建议书评审标准相同。评审过程中若需答辩，由科技部基础研究司通知中方建议人。通过评审的项目由规划专家顾问组审查和讨论，提出立项建议，经科技部审定后立项。不予立项的项目，将由科技部基础研究司通知中方建议科学家，并经中方科学家转告欧方科学家。
     5、经费管理
     重点基础研究项目的经费主要来自国家财政专项拨款，鼓励多渠道联合资助，经费预算、决算由科技部编制。项目的经费主要用于项目实施期间的人员费、设备费、管理费、国际交流与合作费和其它相关费等。经费实行课题制管理，实行全额预算、过程控制和全成本核算。国家财政专项拨款经费预算分三档：（a）3000万元以上；（b）1000万元-3000万元；（c）1000万元以下。